商品有機肥：不要使用以城市垃圾和污泥等為原料、或重金屬超標以及未經高溫或無害化處理的劣質有機肥。

糞肥：需要經過發酵腐熟后施用，同時應根據土質等情況，選擇性施用，如黏性土應施用有機質含量高而礦質元素含量少的糞肥，如羊糞、牛糞等。

廄肥：同樣要腐熟，新鮮廄肥含難分解的纖維素、木質素等，碳氮比較大，而氮大部分呈有機態，如直接用新鮮廄肥，會因微生物分解過程中吸收土壤養分和水分而與作物爭肥。

餅肥：作追肥要腐熟后才能使用，直接施用要將餅肥充份粉碎后開溝施入，并稍離根系，以免發酵時發熱灼傷根系。

綠肥：主要注意綠肥的品種特性、播種時間、翻壓時期等，還有一點是綠肥可是需要適當施肥的，以達到小肥養大肥的效果。

此外，在施用有機肥時還應注意與無機肥、生物菌肥等的配合使用，以滿足作物對營養的需求。在土壤問題嚴重及作物關健生長期，可配合使用微生物功能菌劑來壯大根系，改良土壤，增強作物營養。

雖然有機肥好處佷多，但也不可過量使用。過量使用有機肥會導致以下情況發生：燒苗、土壤中磷、鉀等養分大量集聚，造成土壤養分不平衡；土壤中硝酸根離子集聚，致使作物硝酸根鹽超標，土壤溶液濃度高，不利于根系吸水等。

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